转载

猛踩油门!令Python加速

先要能做,做得对,最后才是要做得快。

——Kent Beck

这篇附录将致力于提供一些优化代码的工具,以便能使我们的代码变得更简洁,或者更快速。尽管此类优化在大多数情况下并不能代替算法设计(特别是当我们所处理的问题规模非常大的时候),但是让我们的程序运行快上10倍应该还是能做到的。

在调用外部辅助之前,我们应该首先审视一下自己是否已经做到Python的内置工具物尽其用了。在本书中,我曾列举过许多类似的例子,其中包括了适用于双向队列的deque,以及如何在合适的条件下运用bisect和heapq来提升算法的性能。另外,作为一个Python 程序员,我们也很幸运Python提供了当今最高级也最为有效的排序算法(list.sort(),并且高效地实现了它),以及一个功能多样而又迅速的散列表(dict)。甚至您还会发现,itertools与functools模块中也能给我们带来某种程度的高性能代码 1

除此之外,当我们选择要用外部库来优化代码时,还应该先确认一下这种优化是否有必要。优化本身也往往会让我们的代码变得更复杂,依赖关系更多,所以优化之前要想一想,优化是否真的值得。如果您的算法已经“足够好”,代码也“足够快”,那么通常就不值得引入用其他语言(如C语言)撰写的外部模块了。当然,什么是“足够好”、“足够快”,也取决于我们自己的判断。(您可以在第2章找到一些用于代码测速与剖析的例子。)

需要注意的是,本篇附录中所讨论的包和外部扩展库主要用于优化单处理器的代码,其中既包括高效的函数实现,也包括封装好了的扩展模块,以及速度更快的Python解释器。当然,考虑将我们代码改为多处理器版本确实能有助于大幅提高运行效率,所以您真的想这么做的话,multiprocessing模块是一个好的开始。如果您希望深入了解多核编程,您同样可以找到非常多的关于分布式计算的第三方工具。例如,您可以查看一下Python wiki上Parallel Processing页面中的内容。

在接下来的内容中,我们将会看到一份加速工具的选单。其中包含了业界在若干个方向上的努力,应对于各种情境的变化,毕竟新项目会与时俱进,而一些旧项目则逐渐被淘汰。如果您对下面所介绍的工具方案很感兴趣,打算将其运用到自己的项目来,我们建议您可以先浏览一下这些扩展库的网站以及社区——当然,这要根据您自己的需要,本篇附录最后附有这些网站的地址(见表A-1)。

NumPy、SciPy、Sage与Pandas:NumPy是一个历史悠久的包。它起源于Numeric和numaray这些更为古老的项目。NumPy的核心是一个多维数字数组的实现。除了该数据结构外,它还实现了若干个函数与运算符,它们能够高效地进行数组运算,并且对函数被调用的次数进行了精简。您可以用它来进行极其高效的数学运算,而无需对内置模块进行任何额外的编译。SciPy和Sage则属于那种更为宏大的项目,它们将NumPy内置为自身的一部分,同时内置了几种不同的工具,实现了用于特定科学、数学及高性能计算的模块(关于这些内容,我们在后面的内容中还会提到)。Pandas是一个侧重于数据分析的工具,但只有等它的数据模块适用于我们的问题实例时,它才是一个强大而快捷的工具。另一个与之相关的工具叫Blaze,它在我们处理大量半结构化数据的时候是非常有用的。

PyPy、Pyston、Parakeet、Psyco与Unladen Swallow:让代码运行得更快,且侵入性最小的方式之一就是使用实时编译器(just-in-time (JIT) compiler)。在以前,我们可以用Python安装器来安装Psyco。安装完成之后,我们就只需要直接导入psyco模块,然后调用psyco.full(),代码的运行速度就会有明显的提升。在您运行Python程序时,Psyco会将我们的一部分代码编译为机器码。而由于它可以在运行时监控程序,因此也就可以做出某些静态编译器无法做到的优化。例如,一个Python list中可以包含任意类型的值,但当Psyco注意到该list其实只包含整型时,它就会假设,可能该list在之后的运行时间里也仅会包含整型,因而对相关代码进行编译,将该list编译为整型列表。遗憾的是,如今包括Psyco在内的数个类似的Python加速器项目以及它们的网站都已经处于“停止维护以及消亡”的状态了,尽管类似的功能在PyPy中得到了传承。

PyPy则是一个更为宏大的项目:它用Python语言重新将Python实现了一遍。当然,这本身不会直接加快运行速度,这么做主要是为便于代码的分析、优化与翻译。正是基于这个框架,JIT编译才变为了可能(这使得我们不再需要Psyco,代码在PyPy内就能完成编译)。甚至PyPy还能将代码翻译成像C那样的、性能更高的编程语言。另外,在PyPy中所实现的Python的核心子集被称为RPython(restricted Python),这部分已经有工具可以静态地编译成高效的机器码。

在某种程度上,Unladen Swallow也是一种Python的JIT编译器。或者更精确地说,它是Python解释器的一个版本,被称为底层虚拟机(Low Level Virtual Machine,LLVM)。该项目的目标是将加速因子相对标准编译器提高至5。然而,Unladen Swallow项目还没有达到这个目标,但它的开发活动似乎已经停止了。

Pyston也是一个由Dropbox开发的、与LLVM平台较为接近的Python JIT编译器。在本书写作期间,Pyston还是一个非常年轻的项目,只支持了语言的一个子集,并且完全不支持Python 3。然而在很多情况下,它已经优于Python的标准实现,并且目前还在积极地开发中。此外,Parakeet也是一个相当年轻的项目,用该项目Web页面的话说,“其中包含了类型接口、并行数据的数组操作以及大量能使代码加速的黑魔法”。

GPULib、PyStream、PyCUDA与PyOpenCL:这四个包都是在用图像处理单元(graphics processing units,GPUs)来实现代码的加速。它们与Psyco这样的JIT编译器不一样,后者是通过代码优化来实现加速的。但如果我们有一个强大的GPU的话,为什么不用它来进行计算呢?比起GPULib,PyStream更加古老一点,而Tech-X公司已经转向了更为年轻的GPULib项目的开发。它提供了基于GPU的各种形式的数值计算。另外,如果您想用GPU来加速自己的代码,PyCUDA、PyOpenCL这两个项目也值得您试试看。

Pyrex、Cython、Numba与Shedskin:这四个项目都致力于将Python代码翻译为C、C++及LLVM代码。其中,Shedskin会将Python代码编译为C++程序,而Pyrex和Cython(后者实际上是前者的一个分支)的编译目标主要是C语言。另外,当我们用Cython(及其前身Pyrex)来进行编译时,我们可以在代码中加入一些可选的类型声明,例如静态声明一个整型变量之类的。此外,Cython还有NumPy数组的额外支持,这使您可以写出某种针对底层逻辑的代码,以高效操作数组内容。我在自己的代码中使用了这个特性,其中的部分代码的加速因子提升到300至400。而且,由Pyrex和Cython生成的代码可以直接编译为Python扩展模块,然后在Python代码中导入即可。如果您想从Python程序中生成出通用的C代码,Cython也依然是一种安全的选择。而如果您只是在寻找一种加速方式,特别是在面向数组与数学计算的代码的时候,或许Numba是一个值得看看的选择。它在被导入时会自动生成相应的LLVM代码。其升级版本NumbaPro还提供一些更为高级的功能,甚至还包含了对GPU的支持。

SWIG、F2PY与Boost.Python:这些工具可以帮助您将其他语言封装为Python的模块。它们所封装的语言分别是:C/C++,Fortran,C++。尽管我们也可以自行编写访问扩展模块的代码,但使用这些工具可以帮助我们免于许多单调乏味的工作——而且它们也更能确保结果的正确性。以SWIG为例,您只需要启动一个命令行工具,往里输入C(或C++)的头文件,封装器代码就自动生成了。SWIG的另一个优点在于,除了Python,它还可以成为很多语言的生成封装器。例如,您同样也能轻易地利用Java或PHP这样的语言来编写相关的扩展。

ctypes、llvm-py与CorePy2:这些模块可以帮助我们实现对Python底层对象的操纵。ctypes模块可用于在内存中构建编译C的对象,并且调用某些共享库中(如某些DLL)的C函数。而llvm-py包则正如之前所说,主要提供了LLVM的Python接口,以便于我们可以构建代码,然后更高效地编译它们。甚至如果您愿意的话,也可以在Python中用它来构建您自己的编译器(没准能搞出一种属于自己的编程语言!)。CorePy2也一样,它可以帮助您处理与高效运行代码对象,只不过,它是运行在汇编层的。(值得注意的是,ctypes如今已是Python标准库的一部分了。)

Weave、Cinpy与PyInline:通过这三个包,我们就可以在Python代码中直接使用C语言(或其他语言)。虽然不同的语言被混排在了一起,但代码仍然可以保持干净整洁,因为您可以使用Python字符串的多行特性,将C代码部分按照其自身的风格来排版。然后就能即时进行编译,并输出可用在Python代码中的代码对象。这样,我们就可以像使用ctypes模块那样使用它们了。

其他工具:显然,可用的工具远远不止这些,我们可以根据自己的需要来选择更多的工具。例如,如果我们希望节省的是内存而不是时间,那么JIT就不太适合了——JIT通常都需要耗费大量的内存。这时候,我会建议您去看看Micro Python项目。这是一个专为最小内存占用,使用Python的微控制器及嵌入式设备而设计的编程环境。而且,谁知道呢?也许我们有些时候根本不想用Python。或许我们只是在某种Python环境中工作,然后想使用某种高级编程语言,但同时希望自己所有代码都能运行得飞快,这时我会建议您看看Julia这个项目。尽管这项目在Python体系中算是个异类,实际上是一种不同的语言,但它的语法对于所有Python程序员来说都会感觉很熟悉。同时它也支持Python库的调用,这意味着Julia团队与Python项目之间一直有着密切的合作,例如IPython项目等 2 ,甚至这一直是SciPy项目研讨会上的主题之一 3

表A-1 各加速器工具网站的URL

工具

网站

Blaze

http://blaze.pydata.org

Boost.Python

http://boost.org

Cinpy

http://www.cs.tut.fi/~ask/cinpy

CorePy2

https://code.google.com/p/corepy2

Ctypes

http://docs.python.org/library/ctypes.html

Cython

http://cython.org

CyToolz

https://github.com/pytoolz/cytoolz

F2PY

http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e

GPULib

http://txcorp.com/products/GPULib

Julia

http://julialang.org

llvm-py

http://mdevan.org/llvm-py http://mdevan.org/llvm-py

Micro Python

http://micropython.org

Numba

http://numba.pydata.org

NumPy

http://www.numpy.org

Pandas

http://pandas.pydata.org

Parakeet

http://www.parakeetpython.com

Parallel Processing

https://wiki.python.org/moin/ParallelProcessing

Psyco

http://psyco.sf.net

PyCUDA

http://mathema.tician.de/software/pycuda

PyInline

http://pyinline.sf.net

PyOpenCL

http://mathema.tician.de/software/pyopencl

PyPy

http://pypy.org

Pyrex

http://www.cosc.canterbury.ac.nz/greg.ewing/python/Pyrex

PyStream

http://code.google.com/p/pystream

Pyston

https://github.com/dropbox/pyston

Sage

http://sagemath.org

SciPy

http://scipy.org

Shedskin

http://code.google.com/p/shedskin

SWIG

http://swig.org

Theano

http://deeplearning.net/software/theano

Unladen Swallow

http://code.google.com/p/unladen-swallow

Weave

http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/weave.html

本文摘自《Python算法教程》中的附录A

猛踩油门!令Python加速

内容简介

Python是一种面向对象、解释型计算机程序设计语言,其应用领域非常广泛,包括数据分析、自然语言处理、机器学习、科学计算以及推荐系统构建等。

本书用Python语言来讲解算法的分析和设计。本书主要关注经典的算法,但同时会为读者理解基本算法问题和解决问题打下很好的基础。全书共11章。分别介绍了树、图、计数问题、归纳递归、遍历、分解合并、贪心算法、复杂依赖、Dijkstra算法、匹配切割问题以及困难问题及其稀释等内容。本书在每一章结束的时候均有练习题和参考资料,这为读者的自我检查以及进一步学习提供了较多的便利。在全书的最后,给出了练习题的提示,方便读者进行查漏补缺。 本书概念和知识点讲解清晰,语言简洁。本书适合对Python算法感兴趣的初中级用户阅读和自学,也适合高等院校的计算机系学生作为参考教材来阅读。

作者简介

猛踩油门!令Python加速

Magnus Lie Hetland是一位经验丰富的Python程序员,他自20世纪90年代以来就一直在使用该语言。同时,他还是挪威科技大学的副教授,有着数十年的算法教学经验,是《Beginning Python》 4 一书的作者。

本书特色

本书作者是畅销书Python基础教程(第2版)的作者,在Python领域颇有知名度和权威性。

本书用Python语言来讲解算法的分析和设计。本书主要关注经典的算法。

样章试读部分: http://www.epubit.com.cn/book/details/4006

1 但如果您是在写一个迭代器封装、功能性代码以及其他您想要的某种额外扩展,或许CyToolz是一个值得一看的东西。

2 例如,您可以去看看http://jupyter.org。

3 https://conference.scipy.org/scipy2014/schedule/presentation/1669

4 译者注:此书最初版本名为Practical Python,现已更新至第2版,其中译本《Python基础教程》已于2010年7月由人民邮电出版社出版。

正文到此结束
Loading...